试一试：这就是岐黄的工作台。
不是截图，是可以操作的工作台。在频道里发一条消息，看编排智能体拆分分析、组建团队、执行预检，并在需要你授权时停下；切到「插件」浏览能力目录，切到「任务」看协作进度。
金钱蒲花叶转录组# 花叶对比频道已就绪 · 编排智能体在线
频道中的智能体
- 编排智能体空闲
运行证据
预检通过并经你授权后，这里显示执行状态、限制与产物。
交互演示：无论输入什么，频道回复都是同一段预设脚本，不调用模型，也不进行任何计算。分析数字取自金钱蒲转录组的计算核验记录；运行过程、时长与人员为演示。插件目录为演示时的目录快照，具体能力以实际环境为准。
一个研究目标，五个可审查的步骤。
确认研究上下文
核对物种、样本、处理条件、生物学重复、批次与比较目标；信息不足时，明确列出待补充内容。
形成分析计划
从已安装并允许使用的插件中选择能力，声明输入、方法、参考资源、输出和依赖关系。
执行前预检
检查数据、软件、参考版本、资源与实验设计；缺少关键条件时保留阻塞原因，不由模型猜测。
提交实际计算
在已配置的本地、远程或 Slurm 执行环境中运行相应工具，记录执行与资源事实。
回读结果并解释
Agent 重新读取已保存的计算结果，结合文献与审阅记录组织解释，展示冲突、不确定性和后续验证方向。
目前可以做什么
当前最完整的主线是 Bulk RNA-seq 与非模式生物转录组分析。具体可执行范围取决于所选能力、已安装工具、数据库、参考资料与运行环境。
Bulk RNA-seq
读段质控、Salmon 定量、样本质量检查、DESeq2 对照分析。
非模式生物参考与注释
参考引导的转录组组装、EviAnn 结构注释、TransDecoder / Trinotate / eggNOG 功能注释。
RNA 事件与非编码 RNA
rMATS / ASGAL 剪接、APA、circRNA、lncRNA、miRNA 靶点预测、CPC2 与 Rfam 筛查。
功能富集与转录组综合
GO / KEGG 富集、多分支汇总与证据冲突审阅，保留检验背景与多重检验校正。
单细胞 RNA-seq
10x 矩阵接入与 QC、归一化、PCA、kNN、Leiden、marker 候选、pseudobulk 差异表达。
混池 CRISPR 筛选
基于 MAGeCK 的输入检查、筛选设计、执行与效应输出。
文献与公共数据
PubMed / PMC 检索、全文跟进、纳入排除审阅、siRNA 证据提取、公共 RNA-seq 数据集发现。
数据身份与研究组织
论文与数据 accession 核对、附件获取、序列和数值比较、Research Program 证据索引。
执行完成，不等于结论成立。
系统把一次研究工作分成三个层面判断，并在结果中一直显示尚未满足的限制。
- 执行完成工具是否实际运行，输出与执行记录是否完整？
- Agentic 完成是否存在模型规划、工具选择、任务绑定、结果回读和后续解释的完整证据链？
- 科学结论资格实验设计、统计、身份映射、证据独立性和审阅是否足以支持这项具体主张？
实际案例：金钱蒲转录组的计算核验
以下为计算核验记录，不等同于湿实验确认；原始记录同时保留了尚未解决的问题。
| 分析内容 | 已记录的计算结果 | 可以支持的解释范围 |
|---|---|---|
| 差异表达后的通路核验 | 以 28,914 行基因结果为一种检验背景并比较多种背景；叶片光合作用与天线蛋白、花部苯丙烷相关富集保留支持 | 组织相关的表达与功能方向信号；仍需考虑批次、供体及注释偏差 |
| 富集主张修正 | 黄酮及倍半萜相关通路未通过相应多重检验校正 | 撤回整条通路“显著富集”的表述，保留具体候选的证据 |
| circRNA 结构核验 | 4,535 个不同 junction ID；进一步筛选的 97 个外显子标签候选中，8 个具有唯一完整注释外显子路径 | 为部分候选提供结构支持，其他候选保持未定 |
| lncRNA 候选筛查 | 对 3,862 个候选补充 CPC2、Rfam 与参考 CDS 检查，得到 2,739 个保守优先候选 | 形成后续验证集合，保留编码潜能与注释冲突 |
适合谁使用
非模式生物研究者
组织参考资料不完善、分析分支多的转录组研究，让参考选择与解释限制保持可见。
生信分析人员与课题组
围绕同一研究任务衔接数据、工具、模型与计算资源，保存便于复核和交接的运行档案。
科研 Agent 与方法开发者
通过插件契约接入新的分析能力，复用任务、权限、执行和证据基础设施。
